石蓮子鎮歷史悠久，境內墩后村有距今五千年的大汶口文化遺址，東周時屬莒國，秦時劃入瑯琊郡莒縣，民國時期屬莒縣第七區，1939年7月屬莒南縣第七區，1958年1月改稱石蓮子鄉，1960年1月改稱許口公社，1981年10月改稱石蓮子公社，1984年4月15日機構改革，撤銷石蓮子公社，建立石蓮子鄉人民政府和小官莊鄉人民政府，同時建立鄉黨委。1985年11月小官莊鄉改名為王家溝鄉。1994年12月經省政府批準王家溝鄉撤鄉設鎮，建立汀水鎮。1996年12月經省政府批準石蓮子鄉撤鄉設鎮，建立石蓮子鎮。2011年與汀水鎮合并成立石蓮子鎮屬莒南縣至今。