馬群科技園位于南京主城城中，滬寧高速入口，地處“紫金山—靈山—龍王山”生態廊道，環境優越，交通便利。309、139、163等12條公交線、地鐵2號線以及正在建的地鐵4號線及地鐵換乘樞紐，將科技園與主城區緊密相連。滬寧高速、寧杭公路、繞城公路在此交匯，寧蕪鐵路、京滬高鐵貫穿其中，到中山門僅要6分鐘，到祿口國際機場只需半小時，向北15分鐘可至國內最大的內河外貿港——龍潭港，從紫金山站乘高鐵1個多小時可直達上海。