昭蘇縣位于伊犁哈薩克自治州西南部，處于北緯43°09′～43°15′、東經80°08′～81°30′之間，為中亞內陸腹地的一個群山環抱的高位山間盆地。東與特克斯縣接壤，南與阿克蘇地區的拜城縣、溫宿縣隔山相望，西與哈薩克斯坦交界，北與察布查爾縣毗鄰。邊境線長約220千米，有國家一級口岸——木扎爾特口岸，2001年被國務院列為對外開放縣。縣境東西長約141千米，南北寬約132千米，總面積1.12萬平方千米。縣城海拔2018米，是伊犁州直唯一的五類艱苦地區縣。