巴楚縣隸屬新疆維吾爾自治區喀什地區，位于新疆維吾爾自治區西南部，地處天山南麓，塔里木盆地和塔克拉瑪干沙漠邊緣。地理坐標東經77°22′30″-79°56′15″，北緯38°47′30″-40°17′30″，東與阿瓦提縣、墨玉縣相望，南與麥蓋提縣、莎車縣、皮山縣為鄰，西與伽師縣、岳普湖縣毗連，北依柯坪山和喀拉塔格山為界與柯坪縣、阿合奇縣接壤，阿圖什市在巴楚縣東部境內。